Le moyen le plus simple de changer le moteur par défaut est de se connecter à phpMyAdmin puis allez dans Variables>> moteur de stockage
cliquez sur modifier et tapez InnoDB .
le moteur de stockage par défaut est désormais InnoDB
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/en/server-system-variables.html#sysvar_storage_engine