J'ai eu le même problème et j'ai créé une classe PHP légère pour effectuer la mise en forme/la coloration syntaxique.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
Je ne l'ai pas entièrement testé avec des requêtes complexes (sous-sélections, unions, etc.), mais cela semble fonctionner assez bien pour les cas courants.
Pour obtenir des résultats parfaitement précis, vous avez vraiment besoin d'un analyseur SQL complet comme celui utilisé par phpMyAdmin, mais qui utilise plus de 10 000 lignes de code réparties sur de nombreux fichiers et est probablement exagéré pour un débogage simple.