Augmentez la limite de mémoire et le temps de script de votre php, car vous exécutez l'instruction mysql via le serveur php.
Vérifiez votre fichier php.ini pour ces vars :
memory_limit
max_execution_time
Mais de toute façon je le ferais via le client mysql (terminal), vérifiez la doc mysql
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/csv/file/csv_file.csv' INTO TABLE database_name.table_name FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n';
Documentation MySQL - Charger la syntaxe du fichier de données Documentation PHP - Paramètres du noyau Ini
