phpMyAdmin
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mysqli_real_connect() :(HY000/2002) :aucun fichier ou répertoire de ce type

changez localhost en 127.0.0.1 dans /etc/phpmyadmin/config.inc.php

$cfg['Servers'][$i]['host'] = '127.0.0.1';

La raison en est que pma essaie de se connecter à mysql.socket si vous utilisez localhost. Si vous utilisez 127.0.0.1, PMA établit une connexion TCP qui devrait fonctionner.