La réponse courte à votre question est; vous ne le faites pas. La seule option qui s'offre à vous est de stocker chaque paire unique en tant qu'élément de tableau unique. Donc plutôt que :
{a:[1,2], b:[8,9]}
vous stockez
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Évidemment, cela a quelques inconvénients, donc cela dépend vraiment de votre cas d'utilisation spécifique, qu'il s'agisse ou non d'une solution de contournement appropriée. Je suis d'accord cependant que mongo ne devrait pas rejeter plusieurs index de tableau juste pour l'épreuve des idiots. C'est une bonne fonctionnalité pour les tableaux de petite/faible cardinalité.