La mise à jour d'un champ indexé dans mongodb entraîne une mise à jour de l'index (ou des index si vous en avez plusieurs) qui l'utilisent. Il ne "réindexe" pas. Cela ne devrait pas être si cher - en fait, vous supprimerez l'ancienne entrée et en insérerez une nouvelle.
Ce document contient une bonne quantité de détails sur les index mongodb :
http://docs.mongodb.org/master/MongoDB-indexes-guide .pdf
BTW, gardez à l'esprit qu'il existe un champ spécial, _id, que mongodb utilise comme clé primaire
Vous ne pouvez pas mettre à jour le champ _id.