Je rencontre le même problème et après quelques recherches sur Google et des recherches, j'ai trouvé ce message /a/43810346/3785901
J'ai essayé cette commande mentionnée :
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
et cela fonctionne comme un charme. Cela devrait fonctionner dans votre cas, bonne chance.