Si vous démarrez mongod en tant qu'utilisateur xxx alors tous les répertoires et fichiers qu'il doit utiliser doivent appartenir à l'utilisateur xxx - dans votre cas, je vois plusieurs fichiers appartenant à root donc mongod ne peut pas manipuler ces fichiers.
Corrigez les autorisations et assurez-vous de ne jamais exécuter mongod à nouveau en tant que root. De plus, lorsque vous obtenez une erreur de mongod regarder dans le fichier journal vous dira exactement ce qui a causé une erreur. (Dans tous les cas sauf si le fichier n'est pas accessible en écriture par l'utilisateur mongod s'exécute sous).