Mongoose essaie de définir un ObjectId par défaut. Vous pouvez supprimer cela avec ce qui suit :
var categorySchema = mongoose.Schema({
_id: String,
ancestors: [{type: String }],
parent: {type: String}
},{ _id: false });
var Category = mongoose.model( "Category", categorySchema );
Et en notant qu'il n'y a qu'un seul schéma pour votre mise en page.