Ce que vous chronométrez ici, c'est le temps qu'il faut au nœud pour démarrer, charger le module mongo et ensuite seulement se connecter. Vous constaterez que la plupart de ces opérations ne consistent pas à se connecter à la base de données elle-même, mais plutôt à analyser, charger et exécuter l'intégralité du script.
Essayez d'exécuter le minutage depuis l'intérieur du script après le mongodb
le module a été chargé.