L'exécution de la requête a échoué lors de l'exécution de la commande Mongo via un script bash

Ce n'est pas un javascript. Vous ne pouvez pas appeler un exécutable externe à partir de javascript.

Exécutez simplement le mongorestore directement :

mongorestore --host=localhost --port=27017 --gzip --archive=C:\backup --nsInclude 'n2aenv.*' --nsFrom 'n2aenv.*' --nsTo 'newDB.*'