Vous devrez parcourir tous vos documents dans le code et utiliser un remplacement de regex pour nettoyer les chaînes.
Voici comment vous le feriez dans le shell mongo pour un test
collecte avec un phone
champ qui doit être nettoyé.
db.test.find().forEach(function(doc) {
doc.phone = doc.phone.replace(/[^0-9]/g, '');
db.test.save(doc);
});