Vous pouvez stocker le code js comme une sorte de procédure stockée .
Selon cet article vous pouvez stocker js en tant qu'appel système :
db.system.js.save({_id: "sum", value: function (x, y) { return x + y; }});
puis appelez-le comme :
db.eval("return sum(2, 3);");
db.loadServerScripts();
sum(3,2)
documentation supplémentaire ici