En fin de compte, vous êtes foutu. Il n'y a aucun moyen (en mongodb) pour garantir l'intégrité des données dans un tel scénario, car il manque des relations en général et des clés étrangères en particulier. Et il est inutile de créer des vérifications au niveau de l'application. Peu importe à quel point ils sont élaborés, ils peuvent toujours échouer (d'où "aucune garantie").
Il s'agit donc soit d'intégrer (pour que les données associées soient toujours là, directement dans le document), soit d'abandonner l'espoir de données cohérentes.