Il semble impossible de renommer un champ dans un tableau à partir de la ligne de commande comme répondu dans cette question :
MongoDB renommer le champ de base de données dans le tableau
Il est cependant possible de modifier ces valeurs via RockMongo comme suggéré par l'utilisateur Liad Livnat.
Pour mon cas particulier, j'ai également supprimé le tableau et modifié la structure en :
{
"field1": "value 1",
"field2": {"subfield1": "value 2", "subfield2": "value 3"},
"field3": "value 4"
}
Interroger cet objet était alors possible avec :
db.myCollection.find( {"field2.subfield2":"value 3"} );