Tu étais proche. La requête devrait ressembler à ceci :
db.test.update({"city":"Palo Alto"},{"$pull":{"friends":{"name":"Frank"}}});
$pull
prend un objet dont le champ spécifie le tableau de champs "friends"
. La valeur {"name":"Frank"}
représente la requête (à exécuter dans le tableau) pour trouver l'élément à extraire.