Enfin compris grâce au groupe google Mongoid. Détails ici :https://groups.google.com/d/topic/ mongoïde/T6XhqLtofTE/discussion
Le correctif unique est :
collection = mr_collection.send(:documents).sort(sort).limit(limit).skip(skip).to_a
Dans une prochaine version de mongoid, Mongoid::Contextual::MapReduce#documents passera d'une méthode privée à une méthode publique, et le .send(:documents) ne sera plus nécessaire.
