Grâce à bertrand j'ai pu trouver que la réponse se trouve dans 'Projection '. Dans mongodb c'est '$ ', en mangouste son select . Voici comment je l'ai fait fonctionner :
User.findOne({id: req.body.myId}).select({ Friends: {$elemMatch: {id: req.body.id}}}),
Il ne renvoie que l'élément correspondant à l'identifiant spécifié dans friends.