Je sais que c'est vieux, mais je rencontrais le problème et je suis tombé sur cette question. J'ai réussi à le résoudre.
Mon problème était sur Ubuntu 18.04 et j'essayais d'installer et d'exécuter MongoDB 3.4/3.6.
Un problème était un répertoire /var/run/mongodb manquant avec les autorisations appropriées, l'autre était cette erreur. Je ne suis toujours pas sûr à 100 % si cette erreur était liée au répertoire ou non, mais cela avait certainement quelque chose à voir avec les configurations.
Mon mongod.conf a fini par avoir processManagement - fork défini sur true. Changer cela en false lui a permis de commencer à fonctionner.