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Comment peupler dans ce cas Mangouste ?

Essayez :

Notifications
  notifications: {
    notifiId: {type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'Notifications' },
    viewed: { type: Number, default: 0 }
  },

et pour le trouver :

model_Variable.findById(req.params.id).populate("notifiId").exec(function (err, 
callBack) {});