Le problème était avec mon unité de persistance. Par défaut, TOUTES les classes Entity sont incluses. Ainsi, mes entités NoSQL et SQL ont été transmises aux unités de persistance SQL et NoSQL. La solution consistait simplement à spécifier les entités à l'intérieur de l'unité de persistance persistence.xml.
<persistence-unit name="Dastrax_NoSQL_PU" transaction-type="JTA">
<provider>org.eclipse.persistence.jpa.PersistenceProvider</provider>
<class>declare_your_entity_1</class>
<class>declare_your_entity_2</class>
<exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>
<properties>
<property name="eclipselink.target-database" value="org.eclipse.persistence.nosql.adapters.mongo.MongoPlatform"/>
<property name="eclipselink.nosql.connection-spec" value="org.eclipse.persistence.nosql.adapters.mongo.MongoConnectionSpec"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.port" value="27017"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.host" value="localhost"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.db" value="dev"/>
<property name="eclipselink.logging.level" value="FINEST"/>
</properties>
</persistence-unit>
