vous pouvez créer une boucle javascript qui fait le travail, puis l'exécuter dans la mongoconsole.
var dbs = db.getMongo().getDBNames()
for(var i in dbs){
db = db.getMongo().getDB( dbs[i] );
print( "dropping db " + db.getName() );
db.dropDatabase();
}
enregistrez-le dans dropall.js puis exécutez :
mongo dropall.js