J'ai compris quel était le problème. Dans le MongoEngine "connecter" méthode, le replicaSet paramètre devait être spécifié comme suit :
connect(db = "my_db", replicaSet = "my_replica_set_name", host = "hostname", port = "port_number")
La syntaxe de la préférence de lecture est correcte comme spécifié ci-dessus. Passer dans le replicaSet paramètre l'a fait fonctionner.