Heureusement mongodump 3.0 accepte les options pour ignorer certaines collections.
Cela a résolu mon problème de ne pas avoir d'accès administrateur à la base de données pour modifier les autorisations. N'oubliez pas que vous ne créerez plus de sauvegardes complètes.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
ou
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system
