Pourquoi cette requête de mise à jour ne met à jour qu'un seul enregistrement une fois

Il s'agit du comportement par défaut de MongoDB pour les mises à jour. Si vous souhaitez mettre à jour plusieurs documents à la fois, vous devrez explicitement fournir le multi drapeau :

db.collection.update( criteria, objNew, upsert, multi )

vous devrez donc utiliser

db.we.update({"uid":1, "status":1, "time" : {"$lte":1324403899}},
             {"$set":{status:0}}, 
             false, 
             true);

à la place.

À partir de la documentation :