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Mettre à jour l'objet tableau en fonction de l'identifiant ?

Vous pouvez utiliser le $ opérateur positionnel pour faire ceci :

db.soup.update(
    {_id: ObjectId("50b429ba0e27b508d854483e"), 'array.id': '2'}, 
    {$set: {'array.$.letter': 'c'}})

Le $ dans l'objet de mise à jour agit comme un espace réservé pour le premier élément de array pour correspondre au sélecteur de requête.