Les réponses précédentes ne fonctionnent pas dans MongoDB 3.4+. La bonne façon de procéder dans la version 3.4 et supérieure consiste à créer un BasicDBObject et à l'utiliser comme paramètre de Database.runCommand(). Voici un exemple.
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
Document result = database.runCommand(command);