Mongoose ne supprime pas les index existants, vous devrez donc supprimer explicitement l'index pour vous en débarrasser. Dans le shell :
> db.items.dropIndex('assets.serial_1')
Cela se produira si vous définissez initialement ce champ unique: true
mais ensuite supprimez-le de la définition du schéma ou remplacez-le par unique: false
.