À partir de Mongo 2.6.0 vous pouvez le faire nativement sans aucune manipulation supplémentaire.
db.<collection>.aggregate( [
{ <operation> },
{ <operation> },
...,
{ $out : "<output-collection>" }
] )
Vérifiez le nouvel opérateur d'agrégation $out pour un exemple plus détaillé.
P.S. en utilisant cette méthode, vous n'êtes pas limité à une taille de 16 Mo.