Mongo inclut un utilitaire mongoexport (voir docs) qui peut vider une collection. Cet utilitaire utilise le libmongoclient natif et est probablement la méthode la plus rapide.
mongoexport -d <database> -c <collection_name>
Également utile :
-o :écrit la sortie dans un fichier, sinon la sortie standard est utilisée (docs)
--jsonArray :génère un document json valide, au lieu d'un objet json par ligne (docs)
--pretty :sorties au format json (docs)