MongoDB n'a pas de clés étrangères (comme vous l'avez probablement remarqué). Fondamentalement, la réponse est donc :"Ne laissez pas les utilisateurs falsifier les requêtes. Laissez uniquement l'application insérer des données qui respectent vos règles d'intégrité référentielle."
MongoDB est génial à bien des égards... mais si vous trouvez que vous avez besoin de clés étrangères, ce n'est probablement pas la bonne solution à votre problème.