MongoDB ne prend pas en charge les clés contenant un point, vous devrez donc prétraiter votre fichier JSON pour les supprimer/remplacer avant de l'importer, sinon vous vous préparerez à toutes sortes de problèmes.
Il n'existe pas de solution de contournement standard à ce problème, la meilleure approche dépend trop des spécificités de la situation. Mais j'éviterais si possible toute approche d'encodeur/décodeur de clé, car vous continuerez à en payer les inconvénients à perpétuité, où une restructuration JSON serait vraisemblablement un coût unique.